З історії монастриря:
Задовго до виникнення обителі на місці сучасного монастиря поселилися відлюдники і жили в печерах. Це місце справді відповідало потребам душі для тих, хто шукав самоти і пізнання Бога. Навколо безмежні ліси, глибокі яри і численні чисті освіжальні джерела. Природа і рослинність тоді були надзвичайно багаті і в той час неприступні завдяки багатьом пагорбам та ярам. Ця територія носить назву Холодний Яр, тому що навіть в найспекотнішу погоду завдяки природним особливостям тут відчувається свіжість і прохолода.
Під 1198 роком у Симеонівському літописі згадується переяславський єпископ Павло. За переказом, 1085 року саме він заклав в Мотронинському монастирі церкву Іоана Предтечі.
Потім церковні хроніки згадують, що 1240-го року орди монголо-татар хана Батия вщент спалюють й знищують монастир. Довгі роки він стояв пусткою.
В 1568 році «монахи почали відновлювати розграбоване святилище під благословенням православного митрополита київського Іони Протасовича. У цей час Мотронинський ліс, у якому знаходився і монастир, був частиною володінь Черкаського замку (староства), який тримав «на Тясмени… сторожу польную», а його бояри користувалися цими багатими угіддями: добували мед, били птицю і звіра, ставили на численних річках млини, ловили рибу, орали землю «на полі, де хочуть».
З цих часів протягом двох століть монастир був під патронатом українського козацтва. Є свідчення про досить велику кількість гетьманських універсалів, що дарували Мотронинському монастирю земельні та лісові угіддя, сіножаті та пасіки, ставки та млини. Церква особливо виділяє з гетьманів українського козацтва Петра Конашевича Сагайдачного, котрий «не забарився прийняти цю давню пустельну обитель під своє покровительство». За часів Руїни, коли численні гетьмани почали кидатись то в обійми Москви, то Варшави, то Стамбулу, Мотронинський монастир переживає важкі часи. Під час турецьких походів на Чигирин у 1672 та особливо в 1677—1678 роках монастир був дуже понищений. Хроніки пишуть, що в ті часи Мотронинський монастир був «спалений і вщент зруйнований».
Але вже в 1685 монастир постає з попелу, він отримує благословення київського митрополита Гедеона на капличку і церкву в своїх вічних печерах.
21 червня 1727 року було освячено новозбудовану Троїцьку церкву.
В середині XVIII століття монастир став одним з центрів боротьби проти церковної унії. З монастирем пов’язаний початок гайдамацького руху, очоленого М. Залізняком, що увійшов до історії під назвою «Коліївщина». 26 травня 1768 року 70 запорожців та 3000 польських підданих ввійшли до Мотронинського монастиря на молебень. 27 травня гайдамаки розпочали похід проти поляків Правобережною Україною. Вогонь повстання швидко охопив величезний район.
